Calculate phylogenetic variance covariance matrix from pfc
pf_vcv.RdCalculate phylogenetic variance covariance matrix from pfc
Examples
pf_vcv(rpfc(10))
#> 18 x 18 sparse Matrix of class "dgCMatrix"
#> [[ suppressing 18 column names ‘t8’, ‘t5’, ‘t3’ ... ]]
#>
#> t8 1.3368317 0.7685335 0.7685335 0.3230449 0.3230449 . .
#> t5 0.7685335 1.3368317 1.2636675 0.3230449 0.3230449 . .
#> t3 0.7685335 1.2636675 1.3368317 0.3230449 0.3230449 . .
#> t1 0.3230449 0.3230449 0.3230449 1.3368317 1.2081443 . .
#> t7 0.3230449 0.3230449 0.3230449 1.2081443 1.3368317 . .
#> t9 . . . . . 1.3368317 0.5385829
#> t10 . . . . . 0.5385829 1.3368317
#> t6 . . . . . 0.5385829 1.3139443
#> t2 . . . . . 0.5385829 0.8955178
#> t4 . . . . . 0.5385829 0.8955178
#> Node2 0.3230449 0.3230449 0.3230449 0.3230449 0.3230449 . .
#> Node3 . . . . . 0.5385829 0.5385829
#> Node4 0.7685335 0.7685335 0.7685335 0.3230449 0.3230449 . .
#> Node5 . . . . . 0.5385829 0.8955178
#> Node6 0.3230449 0.3230449 0.3230449 1.2081443 1.2081443 . .
#> Node7 0.7685335 1.2636675 1.2636675 0.3230449 0.3230449 . .
#> Node8 . . . . . 0.5385829 0.8955178
#> Node9 . . . . . 0.5385829 1.3139443
#>
#> t8 . . . 0.3230449 . 0.7685335 .
#> t5 . . . 0.3230449 . 0.7685335 .
#> t3 . . . 0.3230449 . 0.7685335 .
#> t1 . . . 0.3230449 . 0.3230449 .
#> t7 . . . 0.3230449 . 0.3230449 .
#> t9 0.5385829 0.5385829 0.5385829 . 0.5385829 . 0.5385829
#> t10 1.3139443 0.8955178 0.8955178 . 0.5385829 . 0.8955178
#> t6 1.3368317 0.8955178 0.8955178 . 0.5385829 . 0.8955178
#> t2 0.8955178 1.3368317 1.3025253 . 0.5385829 . 0.8955178
#> t4 0.8955178 1.3025253 1.3368317 . 0.5385829 . 0.8955178
#> Node2 . . . 0.3230449 . 0.3230449 .
#> Node3 0.5385829 0.5385829 0.5385829 . 0.5385829 . 0.5385829
#> Node4 . . . 0.3230449 . 0.7685335 .
#> Node5 0.8955178 0.8955178 0.8955178 . 0.5385829 . 0.8955178
#> Node6 . . . 0.3230449 . 0.3230449 .
#> Node7 . . . 0.3230449 . 0.7685335 .
#> Node8 0.8955178 1.3025253 1.3025253 . 0.5385829 . 0.8955178
#> Node9 1.3139443 0.8955178 0.8955178 . 0.5385829 . 0.8955178
#>
#> t8 0.3230449 0.7685335 . .
#> t5 0.3230449 1.2636675 . .
#> t3 0.3230449 1.2636675 . .
#> t1 1.2081443 0.3230449 . .
#> t7 1.2081443 0.3230449 . .
#> t9 . . 0.5385829 0.5385829
#> t10 . . 0.8955178 1.3139443
#> t6 . . 0.8955178 1.3139443
#> t2 . . 1.3025253 0.8955178
#> t4 . . 1.3025253 0.8955178
#> Node2 0.3230449 0.3230449 . .
#> Node3 . . 0.5385829 0.5385829
#> Node4 0.3230449 0.7685335 . .
#> Node5 . . 0.8955178 0.8955178
#> Node6 1.2081443 0.3230449 . .
#> Node7 0.3230449 1.2636675 . .
#> Node8 . . 1.3025253 0.8955178
#> Node9 . . 0.8955178 1.3139443