Make a SLiM file in the style of outputFull() which can be read by SLiM. This is useful to
start a simulation with a particular population state that you define in R
slim_make_pop_input(
snps,
file_name = tempfile(),
sim_gen = 10000,
ind_pops = NULL,
ind_sex = NULL,
mut_pos = NULL,
mut_type = NULL,
mut_sel = NULL,
mut_dom = NULL,
mut_pop = NULL,
mut_gen = NULL,
mut_nuc = NULL,
version = 4
)R object containing SNPs. Can be a matrix with 0, 1, or 2 as its elements,
or a genlight object. Rows correspond to individuals, columns to loci.
Path to file where the population input file should be saved.
What generation to write in the file. This doesn't really do anything, but is just a requirement for the format.
An optional character vector with length equal to nrow(snps) with Subpopulation indicators for
each individual. Should be "p1", "p2", etc. as this is how subpopulations are named in SLiM.
An optional character vector with length equal to nrow(snps) with the sex for each individual (can be
"H" for hermaphrodite, "F" for female, or "M" for male.)
An optional integer vector with length equal to ncol(snps) specifying the positions in the genome
of each loci.
An optional character vector with length equal to nrow(snps) with the mutation type of each loci.
Should be "m1", "m2", etc. as this is how mutation types are named in SLiM.
An optional numeric vector with length equal to nrow(snps) with the selection coefficient for the
mutation type of each loci.
An optional numeric vector with length equal to nrow(snps) with the dominance coefficient for the
mutation type of each loci.
An optional character vector with length equal to nrow(snps) with the subpopulation of origin
for the mutation at each loci. Should be "p1", "p2", etc. as this is how subpopulations are named in SLiM.
An optional integer vector with length equal to ncol(snps) specifying the generation of origin
for the mutation at each loci.
An optional character vector with length equal to nrow(snps) with the nucleotide of the
mutation. Should be "A", "C", "G", or "T".
SLiM output version number to use.
Returns the file name where the population data was saved
pop_file <- slim_make_pop_input(matrix(rbinom(1000, 2, 0.25), nrow = 100, ncol = 100))
cat(readLines(pop_file))
#> #OUT 10000 A Version: 4 Populations: p1 100 H Mutations: 0 0 m1 1 0 0.5 p1 1 56 1 1 m1 2 0 0.5 p1 1 51 2 2 m1 3 0 0.5 p1 1 49 3 3 m1 4 0 0.5 p1 1 55 4 4 m1 5 0 0.5 p1 1 58 5 5 m1 6 0 0.5 p1 1 60 6 6 m1 7 0 0.5 p1 1 48 7 7 m1 8 0 0.5 p1 1 49 8 8 m1 9 0 0.5 p1 1 44 9 9 m1 10 0 0.5 p1 1 53 10 10 m1 11 0 0.5 p1 1 56 11 11 m1 12 0 0.5 p1 1 51 12 12 m1 13 0 0.5 p1 1 49 13 13 m1 14 0 0.5 p1 1 55 14 14 m1 15 0 0.5 p1 1 58 15 15 m1 16 0 0.5 p1 1 60 16 16 m1 17 0 0.5 p1 1 48 17 17 m1 18 0 0.5 p1 1 49 18 18 m1 19 0 0.5 p1 1 44 19 19 m1 20 0 0.5 p1 1 53 20 20 m1 21 0 0.5 p1 1 56 21 21 m1 22 0 0.5 p1 1 51 22 22 m1 23 0 0.5 p1 1 49 23 23 m1 24 0 0.5 p1 1 55 24 24 m1 25 0 0.5 p1 1 58 25 25 m1 26 0 0.5 p1 1 60 26 26 m1 27 0 0.5 p1 1 48 27 27 m1 28 0 0.5 p1 1 49 28 28 m1 29 0 0.5 p1 1 44 29 29 m1 30 0 0.5 p1 1 53 30 30 m1 31 0 0.5 p1 1 56 31 31 m1 32 0 0.5 p1 1 51 32 32 m1 33 0 0.5 p1 1 49 33 33 m1 34 0 0.5 p1 1 55 34 34 m1 35 0 0.5 p1 1 58 35 35 m1 36 0 0.5 p1 1 60 36 36 m1 37 0 0.5 p1 1 48 37 37 m1 38 0 0.5 p1 1 49 38 38 m1 39 0 0.5 p1 1 44 39 39 m1 40 0 0.5 p1 1 53 40 40 m1 41 0 0.5 p1 1 56 41 41 m1 42 0 0.5 p1 1 51 42 42 m1 43 0 0.5 p1 1 49 43 43 m1 44 0 0.5 p1 1 55 44 44 m1 45 0 0.5 p1 1 58 45 45 m1 46 0 0.5 p1 1 60 46 46 m1 47 0 0.5 p1 1 48 47 47 m1 48 0 0.5 p1 1 49 48 48 m1 49 0 0.5 p1 1 44 49 49 m1 50 0 0.5 p1 1 53 50 50 m1 51 0 0.5 p1 1 56 51 51 m1 52 0 0.5 p1 1 51 52 52 m1 53 0 0.5 p1 1 49 53 53 m1 54 0 0.5 p1 1 55 54 54 m1 55 0 0.5 p1 1 58 55 55 m1 56 0 0.5 p1 1 60 56 56 m1 57 0 0.5 p1 1 48 57 57 m1 58 0 0.5 p1 1 49 58 58 m1 59 0 0.5 p1 1 44 59 59 m1 60 0 0.5 p1 1 53 60 60 m1 61 0 0.5 p1 1 56 61 61 m1 62 0 0.5 p1 1 51 62 62 m1 63 0 0.5 p1 1 49 63 63 m1 64 0 0.5 p1 1 55 64 64 m1 65 0 0.5 p1 1 58 65 65 m1 66 0 0.5 p1 1 60 66 66 m1 67 0 0.5 p1 1 48 67 67 m1 68 0 0.5 p1 1 49 68 68 m1 69 0 0.5 p1 1 44 69 69 m1 70 0 0.5 p1 1 53 70 70 m1 71 0 0.5 p1 1 56 71 71 m1 72 0 0.5 p1 1 51 72 72 m1 73 0 0.5 p1 1 49 73 73 m1 74 0 0.5 p1 1 55 74 74 m1 75 0 0.5 p1 1 58 75 75 m1 76 0 0.5 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p1:35 p1:i18 H p1:36 p1:37 p1:i19 H p1:38 p1:39 p1:i20 H p1:40 p1:41 p1:i21 H p1:42 p1:43 p1:i22 H p1:44 p1:45 p1:i23 H p1:46 p1:47 p1:i24 H p1:48 p1:49 p1:i25 H p1:50 p1:51 p1:i26 H p1:52 p1:53 p1:i27 H p1:54 p1:55 p1:i28 H p1:56 p1:57 p1:i29 H p1:58 p1:59 p1:i30 H p1:60 p1:61 p1:i31 H p1:62 p1:63 p1:i32 H p1:64 p1:65 p1:i33 H p1:66 p1:67 p1:i34 H p1:68 p1:69 p1:i35 H p1:70 p1:71 p1:i36 H p1:72 p1:73 p1:i37 H p1:74 p1:75 p1:i38 H p1:76 p1:77 p1:i39 H p1:78 p1:79 p1:i40 H p1:80 p1:81 p1:i41 H p1:82 p1:83 p1:i42 H p1:84 p1:85 p1:i43 H p1:86 p1:87 p1:i44 H p1:88 p1:89 p1:i45 H p1:90 p1:91 p1:i46 H p1:92 p1:93 p1:i47 H p1:94 p1:95 p1:i48 H p1:96 p1:97 p1:i49 H p1:98 p1:99 p1:i50 H p1:100 p1:101 p1:i51 H p1:102 p1:103 p1:i52 H p1:104 p1:105 p1:i53 H p1:106 p1:107 p1:i54 H p1:108 p1:109 p1:i55 H p1:110 p1:111 p1:i56 H p1:112 p1:113 p1:i57 H p1:114 p1:115 p1:i58 H p1:116 p1:117 p1:i59 H p1:118 p1:119 p1:i60 H p1:120 p1:121 p1:i61 H p1:122 p1:123 p1:i62 H p1:124 p1:125 p1:i63 H p1:126 p1:127 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46 47 52 53 56 63 64 67 73 76 77 82 93 p1:3 A 2 3 4 7 12 13 16 17 22 32 33 36 43 44 54 57 62 66 72 74 83 84 86 87 92 94 96 97 p1:4 A 0 2 4 5 8 9 14 15 19 24 29 30 32 39 40 42 48 49 52 54 55 59 68 69 75 79 80 89 95 99 p1:5 A 9 10 12 18 19 20 22 25 28 29 34 35 38 39 44 45 49 50 58 59 60 62 64 65 69 70 72 74 78 79 82 84 85 88 89 90 92 94 98 99 p1:6 A 2 8 18 19 26 28 32 36 38 42 48 49 52 58 59 66 68 69 78 79 82 86 88 89 98 99 p1:7 A 6 8 9 12 16 18 22 28 29 38 39 46 48 56 58 62 68 72 76 78 88 92 96 98 p1:8 A 0 17 30 37 40 67 70 90 97 p1:9 A 7 10 20 27 47 50 57 60 77 80 87 p1:10 A 2 4 12 13 14 21 22 23 24 27 32 34 37 42 43 47 52 54 59 61 62 69 72 73 74 82 83 87 89 91 92 p1:11 A 1 2 3 7 9 11 12 17 19 22 29 31 32 33 39 41 42 44 49 51 52 53 57 62 63 64 67 71 72 77 79 81 82 84 92 93 94 97 99 p1:12 A 1 5 9 11 15 19 25 28 29 31 35 45 48 55 58 61 65 69 75 78 85 95 p1:13 A 5 8 15 18 21 25 35 38 39 41 45 49 51 55 59 65 68 71 75 79 81 85 88 89 91 95 98 99 p1:14 A 3 7 13 17 22 23 27 32 33 35 42 43 52 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